Theo Nghị định, cơ cấu tổ chức Văn phòng Chính phủ bao gồm 19 Vụ, Cục, đơn vị giúp Bộ trưởng, Chủ nhiệm Văn phòng Chính phủ thực hiện chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn được giao, bao gồm: Vụ Theo dõi khiếu nại, tố cáo và Phòng, chống tham nhũng (gọi tắt Vụ I); Vụ Nội chính (gọi tắt là Vụ II); Vụ Theo dõi phối hợp công tác giữa Chính phủ với Quốc hội, Ủy ban Trung trương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, cơ quan Trung ương các đoàn thể nhân dân và Chính quyền địa phương (gọi tắt là Vụ III); Vụ Tổng hợp; Vụ Tổ chức hành chính nhà nước và Công vụ; Vụ Pháp luật; Vụ Quan hệ quốc tế; Vụ Kinh tế ngành; Vụ Kinh tế tổng hợp; Vụ Khoa giáo - Văn xã; Vụ Đổi mới doanh nghiệp; Vụ Thư ký - Biên tập; Vụ Văn thư Hành chính; Vụ Tổ chức cán bộ; Vụ Kế hoạch tài chính; Cục Quản trị; Cục Hành chính - Quản trị II; Trung tâm Tin học; Cổng Thông tin điện tử Chính phủ.
Như vậy, Nghị định lần này đã quy định thay thế các Vụ Địa phương, Vụ Hành chính và Vụ Tài vụ bằng 03 vụ mới như: Vụ Theo dõi phối hợp công tác giữa Chính phủ với Quốc hội, Ủy ban Trung ương Mặt trận Tổ quốc Việt Nam, cơ quan Trung ương các đoàn thể nhân dân và Chính quyền địa phương (gọi tắt là Vụ III); Vụ Văn thư Hành chính; Vụ Kế hoạch tài chính và quy định tổ chức Vụ Theo dõi khiếu nại, tố cáo và Phòng, chống tham nhũng gồm thành 03 phòng; Vụ Văn thư Hành chính thành 05 phòng; Vụ Tổ chức cán bộ thành 03 phòng và Vụ Kế hoạch tài chính thành 02 phòng.
Bên cạnh đó, Nghị định cũng nhấn mạnh chức năng của Văn phòng Chính phủ trong việc tham mưu tổng hợp, giúp Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ xây dựng và quản lý chương trình công tác theo quy định của pháp luật; xây dựng các đề án, dự án, dự thảo văn bản quy phạm pháp luật và các báo cáo khi được Chính phủ giao; Chủ trì, phối hợp với các Bộ, ngành, Ủy ban nhân dân cấp tỉnh, các cơ quan, tổ chức liên quan chuẩn bị nội dung, phục vụ phiên họp thường kỳ, đột xuất của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ, các cuộc họp của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ với lãnh đạo địa phương, các cuộc họp và hội nghị chuyên đề khác của Chính phủ. Xây dựng và quản lý chương trình công tác của Chính phủ theo quy định của pháp luật; bảo đảm thông tin phục vụ công tác lãnh đạo, chỉ đạo, điều hành của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ; quản lý và duy trì hệ thống thông tin hành chính điện tử Chính phủ phục vụ sự chỉ đạo, điều hành của Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ…
Nghị định này có hiệu lực thi hành từ ngày 19/11/2012; thay thế Nghị định số 33/2008/NĐ-CP ngày 19/3/2008 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Văn phòng Chính phủ và bãi bỏ quy định trước đây trái với Nghị định này ./.
