Theo Nghị định, cơ quan thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành là Tổng cục Đường bộ VN; Cục Đường sắt VN; Cục Hàng hải VN; Cục Hàng không VN; Cục Đường thủy nội địa VN; Chi cục Đường thủy nội địa thuộc Cục Đường thủy nội địa VN; Cảng vụ Hàng không, Cảng vụ Hàng hải và Cảng vụ Đường thủy nội địa Cục Đường thủy nội địa VN; Cơ quan quản lý đường bộ ở khu vực thuộc Tổng cục đường bộ VN.
Cơ cấu tổ chức của Thanh tra Bộ và Thanh tra Sở có Chánh Thanh tra, các Phó Chánh Thanh tra, các Thanh tra viên và công chức khác. Chánh Thanh tra Bộ do Bộ trưởng bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức sau khi thống nhất với Tổng Thanh tra Chính phủ; Chánh Thanh tra Sở do Giám đốc Sở bổ nhiệm, miễn nhiệm, cách chức sau khi thống nhất với Chánh Thanh tra tỉnh.
Nghị định nêu rõ nhiệm vụ, quyền hạn của Cục HKVN là Xây dựng kế hoạch thanh tra gửi Thanh tra Bộ tổng hợp, trình Bộ trưởng và tổ chức thực hiện ngay sau khi được phê duyệt; Hướng dẫn xây dựng và phê duyệt kế hoạch thanh tra của cơ quan thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành cấp dưới trực tiếp; Thanh tra việc thực hiện pháp luật chuyên ngành, quy định về chuyên môn kỹ thuật, quy tắc quản lý thuộc phạm vi quản lý theo phân cấp; Thanh tra theo kế hoạch, thanh tra theo vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật thuộc thẩm quyền của Cục hoặc thanh tra theo yêu cầu của Chánh Thanh tra Bộ; Theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra của cơ quan được giao thực hiện chắc năng thanh tra chuyên ngành cấp dưới; Giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng theo quy định của pháp luật; Tổng hợp báo cáo Chánh Thanh tra Bộ kết quả công tác thanh tra chuyên ngành, giải quyết khiếu nại, tố cáo và phòng, chống tham nhũng thuộc phạm vi quản lý của Cục…
Ngoài ra, Cục HKVN còn thực hiện các nhiệm vụ, quyền hạn khác có liên quan đến các Điều ước quốc tế.
Thanh tra Cục giúp Cục trưởng thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành theo quy định của pháp luật.
Đối với Cảng vụ Hàng không, Nghị định quy định, cảng vụ có nhiệm vụ quyền hạn là xây dựng kế hoạch thanh tra trình cấp có thẩm quyền và tổ chức thực hiện sau khi được phê duyệt; Thanh tra việc chấp hành pháp luật chuyên ngành, quy định về chuyên môn kỹ thuật, quy tắc quản lý và điều ước quốc tế trong phạm vi nhiệm vụ được phân cấp, thanh tra những vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc những vụ việc khác khi Cục trưởng giao, theo dõi đôn đốc kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra, thực hiện nhiệm vụ theo quy định của luật pháp và Điều ước quốc tế. Bộ phận tham mưu về công tác thanh tra chuyên ngành tại Cảng vụ HK được tổ chức thành Phòng.
Nghị định cũng nêu rõ Thanh tra viên của ngành GTVT là công chức của Thanh tra Cục HKVN, được bổ nhiệm vào ngạch thanh tra để thực hiện nhiệm vụ thanh tra và các nhiệm vụ khác theo sự phân công của Chánh Thanh tra Bộ, Thanh tra Cục HKVN.
Người được giao nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành là công chức thuộc biên chế của cơ quan, được Thủ trưởng cơ quan giao quản lý trực tiếp giao nhiệm vụ thực hiện thanh tra chuyên ngành.
Ngoài ra, Nghị định cũng quy định cụ thể các nội dung liên quan về kế hoạch thanh tra, xử lý chồng chéo trong hoạt động thanh tra, thẩm quyền ra quyết định thanh tra, thời hạn thanh tra, trình tự, thủ tục thanh tra, thời hạn thanh tra, thanh tra lại cũng như trách nhiệm của các cơ quan, tổ chức, cá nhân trong hoạt động thanh tra.
Nghị định nêu trên có hiệu lực kể từ ngày 28/9/2013 và thay thế Nghị định số 36/2004/NĐ-CP của Chính phủ ngày 16/6/2004 về tổ chức và hoạt động của thanh tra giao thông vận tải./.