Theo đó, Bộ GTVT làm việc theo chế độ thủ trưởng và nguyên tắc tập trung dân chủ. Bộ trưởng chịu trách nhiệm trước Quốc hội, Chính phủ, Thủ tướng Chính phủ về toàn bộ công việc thuộc chức năng, thẩm quyền của Bộ trưởng, kể cả khi đã phân công hoặc ủy nhiệm choThứ trưởng. Mọi hoạt động của Bộ, lãnh đạo Bộ và lãnh đạo đơn vị thuộc Bộ phải đảm bảo sự lãnh đạo của Đảng, tuân thủ các quy định của pháp luật và Quy chế làm việc của Bộ.
Quy chế cũng nêu rõ nguyên tắc đề cao trách nhiệm cá nhân, mỗi việc chỉ có một đơn vị hoặc một cá nhân phụ trách và chịu trách nhiệm chính. Một đơn vị, một cá nhân được giao thực hiện nhiều việc. Thủ trưởng đơn vị được phân công công việc phải chịu trách nhiệm chính về công việc được phân công. Đơn vị được giao chủ trì xử lý, giải quyết công việc phải phối hợp với các đơn vị có liên quan và chịu trách nhiệm về kết quả cuối cùng của công việc được giao trước lãnh đạo Bộ.
Một nguyên tắc nữa cũng được đề cập trong Quy chế là bảo đảm tuân thủ thời hạn, thủ tục và thời hạn giải quyết công việc theo đúng quy định của pháp luật, chương trình, kế hoạch công tác và Quy chế làm việc của Bộ, trừ trường hợp có yêu cầu đột xuất hoặc có yêu cầu khác của cơ quan cấp trên. Bảo đảm phối hợp công tác, trao đổi thông tin trong giải quyết công việc và trong mọi hoạt động theo chức năng, nhiệm vụ và quyền hạn được pháp luật quy định. Bảo đảm dân chủ, công khai và minh bạch và hiệu quả trong mọi hoạt động. Thường xuyên cải cách thủ tục hành chính, không gây phiền hà, sách nhiễu, tham ô, hối lộ trong thực thi công vụ.
Xuyên suốt 13 chương của Quy chế là các quy định điều chỉnh về trách nhiệm, phạm vi và cách thức giải quyết công việc; Quan hệ công tác với các cơ quan, tổ chức; Chương trinh công tác của Bộ; Trình tự, thủ tục giải quyết công việc của Bộ; Thẩm quyền ký văn bản; Tổ chức các hội nghị, cuộc họp; Kiểm tra việc thực hiện văn bản, nhiệm vụ được giao; Tổ chức tiếp công dân; Đi công tác, tiếp khách; Chế độ báo cáo thông tin; Văn hóa công sở…
Quy chế áp dụng đối với Lãnh đạo Bộ; cán bộ, công chức thuộc các Vụ, Thanh tra Bộ, Văn phòng Bộ, Tổng cục, Cục thuộc Bộ và các cơ quan, tổ chức, cá nhân có quan hệ công tác với Bộ GTVT.
Quyết định trên có hiệu lực kể từ ngày ký và thay thế Quyết định số 927/2003/QĐ-BGTVT ngày 03/4/2003 của Bộ GTVT ban hành Quy chế làm việc của Lãnh đạo Bộ và lãnh đạo cơ quan quản lý nhà nước trực thuộc Bộ ./.