Theo đó, chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn cụ thể về quản lý ngành, lĩnh vực của Bộ thực hiện theo Nghị định quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu của tổ chức của từng Bộ.
Các quy định về cơ cấu tổ chức của Bộ được quy định cụ thể tại Chương III của Nghị định bao gồm các nội dung về: cơ cấu tổ chức của Bộ, Vụ thuộc Bộ, Văn phòng Bộ, Thanh tra Bộ, Cục thuộc Bộ, Tổng cục thuộc Bộ, đơn vị sự nghiệp công lập thuộc Bộ.
Đối với Cục là tổ chức thuộc Bộ, thực hiện chức năng tham mưu, giúp Bộ trưởng quản lý nhà nước và tổ chức thực thi pháp luật đối với chuyên ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ theo phân cấp, ủy quyền của Bộ trưởng.
Trường hợp Bộ quản lý cơ sở vật chất kỹ thuật, tài sản lớn , toàn ngành thì được thành lập tổ chức Cục thuộc Bộ thực hiện chức năng quản trị nội bộ của Bộ.
Cục thuộc Bộ chỉ có một loại. Cục có tư cách pháp nhân, con dấu và tài khoản riêng. Cục trưởng được ban hành văn bản cá biệt, văn bản hướng dẫn chuyên môn, nghiệp vụ về chuyên ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Cục.
Việc thành lập Cục phải đáp ứng các tiêu chí: có đối tượng quản lý chuyên ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý nhà nước của Bộ theo quy định của pháp luật chuyên ngành; được phân cấp, ủy quyền của Bộ trưởng để quyết định các vấn đề thuộc phạm vi quản lý nhà nước về chuyên ngành, lĩnh vực; tổ chức hoạt động sự nghiệp dịch vụ công thuộc chuyên ngành, lĩnh vực.
Cơ cấu tổ chức của Cục gồm: phòng, văn phòng, chi cục (nếu có), đơn vị sự nghiệp công lập.
Đối với Tổng cục là tổ chức thuộc Bộ, thực hiện chức năng tham mưu giúp Bộ trưởng quản lý nhà nước và tổ chức thực thi pháp luật đối với chuyên ngành lĩnh vực lớn, phức tạp trên phạm vi cả nước theo phân cấp ủy quyền của Bộ trưởng; có tư cách pháp nhân, có con dấu và tài khoản riêng; Tổng Cục trưởng được ban hành văn bản cá biệt, văn bản hướng dẫn chuyên môn, nghiệp vụ về chuyên ngành, lĩnh vực thuộc phạm vi quản lý của Tổng cục.
Việc thành lập Tổng cục phải đáp ứng các tiêu chí: có đối tượng quản lý chuyên ngành, lĩnh vực lớn, phức tạp, quan trọng đối với phát triển kinh tế- xã hội; chuyên ngành, lĩnh vực cần quản lý tập trung, thống nhất ở trung ương, không phân cấp hoặc phân cấp hạn chế ở địa phương; được phân cấp, ủy quyền của Bộ trưởng để quyết định các vấn đề thuộc phạm vi quản lý nhà nước về chuyên ngành, lĩnh vực; tổ chức hoạt động sự nghiệp dịch vụ công thuộc chuyên ngành, lĩnh vực.
Cơ cấu tổ chức của Tổng cục gồm; vụ, văn phòng, cục (nếu có), đơn vị sự nghiệp công lập.
Việc thành lập các vụ, cục thuộc Tổng cục áp dụng các tiêu chí như đối với thành lập vụ, cục thuộc Bộ và không thành lập phòng trong vụ thuộc Tổng cục.
Nghị định này có hiệu lực kể từ ngày 15/6/2012, thay thế Nghị định số 178/2007/NĐ-CP ngày 03/12/2007 của Chính phủ quy định chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Bộ, cơ quan ngang Bộ; bãi bỏ các quy định trước đây trái với Nghị định này.
Căn cứ các quy định của Nghị định này, các Bộ rà soát chức năng, nhiệm vụ của các cơ quan đại diện của Bộ tại địa phương để tổ chức lại thành vụ, cục thuộc Bộ hoặc văn phòng đại diện thuộc Văn phòng Bộ tại địa phương.
Các phòng hiện có trong vụ thuộc tổng cục được duy trì cho đến khi Bộ trưởng trình Thủ tướng Chính phủ quyết định chức năng, nhiệm vụ , quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Tổng cục ./.