Sau khi các cơ quan trực thuộc Cục HKVN hoàn thành việc khắc phục kiến nghị của đợt đánh giá nội bộ đối với các quý trình ISO (trong tháng 11/2013), ngày 06/12/2013, Ban Chỉ đạo ISO phối hợp với Công ty cổ phần Chứng nhận WCERT (đơn vị đánh giá chứng nhận) tiến hành đánh giá chứng nhận đối với Hệ thống quản lý chất lượng theo tiêu chuẩn TCVN ISO 9001:2008 của Cục HKVN. Kết quả đánh giá: Hệ thống ISO 9001:2008 không có điểm không phù hợp, đề nghị Tổng cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng xem xét, cấp Giấy chứng nhận.
Ngày 09/12/2013, Cục HKVN đã có công văn số 5923/CHK-VP gửi Tổng cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng xem xét, cấp Giấy chứng nhận phù hợp tiêu chuẩn quốc gia TCVN ISO 9001:2008 cho Hệ thống quản lý chất lượng ISO 9001:2008 của Cục HKVN.
Ngày 31/12/2013, Tổng cục trưởng Tổng cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng đã ký Quyết định số 4631/QĐ-TĐC về việc cấp Giấy chứng nhận Hệ thống quản lý chất lượng phù hợp tiêu chuẩn quốc gia TCVN ISO 9001:2008 cho Cục Hàng không Việt Nam (Giấy chứng nhận số 2224/2013, có hiệu lực 03 năm kể từ ngày ký).
Hải Đ.H.