Nghị định bao gồm 6 chương, 45 điều quy định về cơ quan được giao chức năng thanh tra chuyên ngành, nhiệm vụ quyền hạn của cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành; Hoạt động thanh tra chuyên ngành; Thanh tra lại trong hoạt động thanh tra chuyên ngành; Trách nhiệm của Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước, cơ quan thanh tra nhà nước, cơ quan được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành.
Trong lĩnh vực giao thông vận tải, các Tổng cục và Cục thuộc Bộ GTVT được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành là: Tổng cục Đường bộ Việt Nam, Cục Đường sắt Việt Nam, Cục Đường thủy nội địa Việt Nam, Cục Hàng hải Việt Nam và Cục Hàng không Việt Nam.
Nguyên tắc tiến hành hoạt động thanh tra chuyên ngành được quy định tại Điều 3 của Nghị định. Hoạt động thanh tra chuyên ngành do Đoàn thanh tra chuyên ngành, Thanh tra viên và người được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành thực hiện. Hoạt động thanh tra chuyên ngành phải được tiến hành thường xuyên, gắn liền với việc thực hiện nhiệm vụ về chuyên môn, kỹ thuật, nghiêp vụ; phát hiện, ngăn chặn và xử lý kịp thời các hành vi vi phạm pháp luật.
Các Tổng cục và tương đương, cácCục thuộc Bộ có nhiệm vụ quyền hạn: Xây dựng kế hoạch tranh tra gửi Thanh tra Bộ tổng hợp trình Bộ trưởng phê duyệt và tổ chức thực hiện kế hoạch đó; Thanh tra việc chấp hành pháp luật chuyên ngành, quy định về chuyên môn kỹ thuật, quy tắc quản lý ngành, lĩnh vực; Thanh tra những vụ việc có dấu hiệu vi phạm pháp luật và những vụ việc khác do Chánh Thanh tra Bộ giao; Theo dõi, đôn đốc, kiểm tra việc thực hiện kết luận, kiến nghị, quyết định xử lý về thanh tra của mình; Tổng hợp và báo cáo kết quả thanh tra chuyên ngành với Thanh tra Bộ.
Chánh Thanh tra Bộ ra quyết định thanh tra và thành lập Đoàn thành tra. Đối với những vụ việc phức tạp, liên quan đến trách nhiệm quản lý của nhiều cơ quan, đơn vị thì Bộ trưởng ra quyết định thanh tra và Thành lập Đoàn thanh tra.
Khi có dấu hiệu vi phạm pháp luật hoặc theo yêu cầu giải quyết khiếu nại, tố cáo hoặc phòng chống tham nhũng hoặc theo yêu cầu của Bộ trưởng, Chánh Thanh tra Bộ ra quyết định thanh tra đột xuất, thành lập Đoàn Thanh tra và gửi quyết định thanh tra đột xuất để báo cáo Bộ trưởng.
Đối với vụ việc phức tạp, liên quan đến trách nhiệm quản lý của nhiều cơ quan, đơn vị, nhiều cấp, nhiều ngành thì Thủ trưởng cơ quan quản lý nhà nước ra quyết định thanh tra đột xuất và thành lập Đoàn thanh tra.
Thời hạn một cuộc thanh tra chuyên ngành do Thanh tra Bộ tiến hành không quá 45 ngày. Trường hợp phức tạp có thể kéo dài hơn nhưng không quá 70 ngày và do người ra quyết định thanh tra chuyên ngành quyết định. Thời hạn của cuộc thanh tra được tính từ ngày công bố quyết định đến ngày kết thúc việc thanh tra tại nơi được thanh tra.
Đoàn thanh tra chuyên ngành có Trưởng đoàn thanh tra, Thanh tra viên, thành viên Đoàn thanh tra, công chức thanh tra chuyên ngành. Trường hợp cần thiết có Phó Trưởng đoàn thanh tra.
Việc xây dựng và phê duyệt kế hoạch tiến hành tranh tra, phổ biến kế hoạch thanh tra, xây dựng đề cương yêu cầu đối tượng thanh tra, thông báo, công bố quyết định thanh tra chuyên ngành, thu thập thông tin tài liệu, đánh giá, báo cáo tiến độ thực hiện nhiệm vụ, báo cáo kết quả thanh tra chuyên ngành, xây dựng kết luận, kết luận thanh tra chuyên ngành và công bố kết luận thanh tra chuyên ngành của Đoàn thanh tra được quy định cụ thể từ Điều 18 đến Điều 28 của Nghị định.
Ngoài ra, Nghị định cũng dành toàn bộ Chương IV gồm 8 điều quy định về nội dung Thanh tra lại trong hoạt động thanh tra chuyên ngành.
Việc thanh tra lại được thực hiện khi có một trong các căn cứ sau: Có vi phạm nghiêm trọng về trình tự, thủ tục trong tiến hành thanh tra; Có sai lầm trong việc áp dụng pháp luật khi kết luận thanh tra; Nội dung kết luận thanh tra không phù hợp với những chứng cứ thu thập được trong quá trình tiến hành thanh tra; Người ra quyết định thanh tra, Trưởng đoàn thanh tra, thành viên Đoàn thanh tra, Thanh tra viên, công chức được giao thực hiện nhiệm vụ thanh tra chuyên ngành cố ý làm sai lệch hồ sơ vụ việc hoặc cố ý kết luận trái pháp luật; Có dấu hiệu vi phạm pháp luật nghiêm trọng của đối tượng thanh tra chưa được phát hiện đầy đủ qua thanh tra (Điều 48- Nghị định 86/2011/NĐ-CP ngày 22/9/2011 của Chính phủ quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành một số điều của Luật Thanh tra).
Từ Điều 29 đến Điều 32 của Nghị định quy định về hoạt động thanh tra của thanh tra viên, công chức thanh tra chuyên ngành tiến hành thanh tra độc lập. Chánh Thanh tra Bộ căn cứ vào kế hoạch thanh tra phân công Thanh tra viên, công chức thanh tra chuyên ngành thuộc phạm vi quản lý tiến hành thanh tra chuyên ngành độc lập trong thời hạn 05 ngày làm việc kể từ ngày tiến hành thanh tra. Trường hợp cần thiết, Chánh Thanh tra Bộ gia hạn thời gian thanh tra nhưng thời gian gia hạn không được vượt quá 05 ngày làm việc.
Bộ trưởng, Chánh Thanh tra Bộ, Thủ trưởng được giao thực hiện chức năng thanh tra chuyên ngành trong phạm vi nhiệm vụ, quyền hạn của mình có trách nhiệm tổ chức, chỉ đạo, thực hiện, kiểm tra, giám sát hoạt động thanh tra chuyên ngành; xử lý kịp thời kết luận, kiến nghị quyết định thanh tra chuyên ngành và chịu trách nhiệm trước pháp luật về hành vi, quyết định của mình.
Nghị định này có hiệu lực thi hành kể từ ngày 05/4/2012 ./.