Theo đó, Ban Chỉ đạo đặt dưới sự lãnh đạo trực tiếp của Bộ trưởng và chịu trách nhiệm trước Bộ trưởng về thực hiện các nhiệm vụ cải cách hành chính nhà nước của Bộ GTVT. Các thành viên Ban Chỉ đạo tham gia vào các hoạt động chung của Ban, thực hiện nhiệm vụ được Trưởng ban phân công và chịu trách nhiệm trước Trưởng ban về các nhiệm vụ được phân công.
Về phân công trách nhiệm, Trưởng Ban Chỉ đạo- Bộ trưởng Đinh La Thăng là người lãnh đạo, điều hành hoạt động của Ban Chỉ đạo, phân công nhiệm vụ cụ thể cho từng thành viên trong Ban. Đồng thời chủ trì và kết luận các cuộc họp của Ban, quyết định những vấn đề thuộc phạm vi chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn của Ban.
Phó Trưởng ban thường trực - Thứ trưởng Nguyễn Hồng Trường có trách nhiệm giúp Trưởng ban trực tiếp chỉ đạo, điều hành các hoạt động chung của Ban, triển khai thực hiện chương trình, kế hoạch cải cách hành chính đã được phê duyệt. Phó Trưởng ban còn triệu tập các cuộc họp định kỳ và đột xuất của Ban, thay mặt Trưởng ban xử lý công việc thường xuyên của Ban Chỉ đạo, chủ trì các cuộc họp của Ban khi Trưởng ban vắng mặt.
Ngoài ra, Quy chế cũng nêu rõ trách nhiệm của các Phó Trưởng ban cũng như các ủy viên trong Ban Chỉ đạo.
Về chế độ làm việc, thành viên Ban Chỉ đạo thảo luận tập thể để tham mưu cho Bộ trưởng quyết định những vấn đề về nhiệm vụ cải cách hành chính, đồng thời chủ động kiến nghị với Bộ trưởng những vấn đề về chủ trương và biện pháp chỉ đạo cải cách hành chính.
Ban Chỉ đạo họp định kỳ mỗi quý một lần, họp đột xuất, họp theo chuyên đề theo yêu cầu của Trưởng ban hoặc Phó Trưởng ban thường trực. Ban Chỉ đạo được sử dụng con dấu Bộ GTVT. Các thành viên Ban Chỉ đạo là Thủ trưởng các cơ quan, đơn vị được sử dụng bộ máy của cơ quan, đơn vị mình để thực hiện các nhiệm vụ được phân công.
Quy chế yêu cầu các Phó ban và Ủy viên BCĐ có trách nhiệm chủ trì tham mưu thực hiện nhiệm vụ cải cách hành chính thuộc lĩnh vực phân công phụ trách, theo dõi, tổng hợp đánh giá kết quả thực hiện theo tháng, quý, năm./.