Theo đó, các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc thẩm quyền quyết định của Thủ tướng Chính phủ là: Viện Khoa học và Công nghệ Giao thông vận tải; Học viện Hàng không Việt Nam; Trường Đại học Hàng hải Việt Nam; Trường Đại học Giao thông vận tải thành phố Hồ Chí Minh; Trường Đại học Công nghệ Giao thông vận tải.
Các đơn vị sự nghiệp công lập thuộc thẩm quyền quyết định của Bộ trưởng Bộ Giao thông vận tải là: Ban Quản lý dự án Đường Hồ Chí Minh; Ban Quản lý dự án Thăng Long; Ban Quản lý dự án An toàn giao thông; Ban Quản lý dự án 1; Ban Quản lý dự án 2; Ban Quản lý dự án 6; Ban Quản lý dự án 7; Ban Quản lý dự án 85.
Quyết định có hiệu lực thi hành kể từ ngày 03/7/2013 và thay thế Quyết định 99/QĐ-TTg ngày 19/01/2009 của Thủ tướng Chính phủ về các đơn vị sự nghiệp trực thuộc Bộ Giao thông vận tải và bãi bỏ các quy định trước đây trái với Quyết định này./.