Hệ thống cơ sở bảo đảm hoạt động bay và cảng hàng không, sân bay thuộc cơ sở hạ tầng ngành GTVT, có vị trí đặc biệt quan trọng trong việc thực hiện chiến lược, quy hoạch của Nhà nước về HKDD; việc xây dựng, khai thác phải tuân thủ nghiêm ngặt các quy định của pháp luật Việt Nam và tiêu chuẩn quốc tế.
Đồng thời, đây là những công trình gắn chặt với nhiệm vụ bảo đảm an ninh quốc phòng của đất nước. Công ước Chicago năm 1944 về HKDD và các Phụ lục của Công ước cũng như các Tiêu chuẩn khai thác, khuyến cáo thực hành của ICAO (Tổ chức HKDD quốc tế) về bảo đảm hoạt động bay đều xác định rõ trách nhiệm của các quốc gia, nhà chức trách hàng không trong quản lý hoạt động bay và bảo đảm hoạt động bay. Tuy nhiên, trên thực tế, các nhiệm vụ quản lý quy hoạch, quản lý, giám sát việc đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng, tổ chức khai thác cơ sở bảo đảm hoạt động bay đã được thực hiện song chưa được Luật hóa. Do đó, theo Dự thảo này, vấn đề quản lý nhà nước về HKDD sẽ được bổ sung nội dung quy hoạch, quản lý, giám sát việc đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng, tổ chức khai thác cơ sở bảo đảm hoạt động bay; giám sát việc đầu tư xây dựng kết cấu hạ tầng cảng hàng không sân bay.
Mặc dù Luật HKDD Việt Nam năm 2006 không trực tiếp thiết lập Nhà chức trách hàng không Việt Nam, nhưng bằng nhiều văn bản quy phạm pháp luật khác nhau (từ Pháp lệnh đến Thông tư), Cục Hàng không Việt Nam (HKVN) cùng với các cảng vụ hàng không thuộc Cục HKVN được giao nhiệm vụ quản lý nhà nước về HKDD với tư cách là Nhà chức trách hàng không của một quốc gia theo chuẩn mực của ICAO. Tuy vậy, qua các đợt thanh tra, đánh giá về vấn đề thực hiện trách nhiệm của quốc gia thành viên theo cam kết quốc tế, ICAO đã đánh giá Việt Nam chưa đáp ứng được các quy đinh của Công ước HKDD quốc tế năm 1944 về địa vị pháp lý của Nhà chức trách hàng không và khuyến nghị Việt Nam cần luật hóa vai trò của Nhà chức trách hàng không. Do đó, vấn đề này đã được bổ sung trong Dự thảo nhằm khẳng định vị trí, vai trò và địa vị pháp lý của nhà chức trách hàng không sẽ tạo cơ sở pháp lý quan trọng và điều kiện thuận lợi cho việc thực thi nhiệm vụ quản lý nhà nước chuyên ngành được hiệu quả, đáp ứng tiêu chuẩn quốc tế, phù hợp với đặc thù của ngành Hàng không.
Dự thảo này cũng đã tách loại tàu bay không người lái và phương tiện bay siêu nhẹ ra khỏi phạm vi quản lý của Bộ GTVT.
Tàu bay không người lái và phương tiện bay siêu nhẹ là một loại thiết bị thuộc định nghĩa tàu bay theo quy định của Luật HKDD Việt Nam năm 2006 thì chúng thuộc sự quản lý của Bộ GTVT nếu việc sử dụng các tàu bay loại này dành cho mục đích dân dụng.
Tuy nhiên, thực tiễn cho thấy, tàu bay không người lái và phương tiện bay siêu nhẹ cần phải được quản lý chặt chẽ do đặc điểm và tính năng hoạt động của loại tàu bay này có liên quan mật thiết đến bảo đảm an ninh quốc phòng vì hoạt động chủ yếu ngoài đường hàng không. Do đó, nhằm đáp ứng yêu cầu của thực tiễn khi các hoạt động sử dụng tàu bay này ngày một gia tăng ở Việt Nam, Chính phủ đã ban hành Nghị định 36/2008/NĐ-CP giao trách nhiệm quản lý Nhà nước về quản lý tàu bay không người lái và phương tiện bay siêu nhẹ cho Bộ Quốc phòng.
Bên cạnh đó, các nội dung của Luật HKDD năm 2006 trong bảo đảm hoạt động bay cũng đã được Dự thảo sửa đổi, bổ sung để bảo đảm yêu cầu về điều hành, phối hợp giữa các cơ quan có liên quan, phù hợp với các tiêu chuẩn, biện pháp cụ thể của ICAO về an ninh hàng không.
Ngoài ra, các nội dung của vấn đề quy hoạch phát triển hệ thống hãng HKVN; quản lý giám định sức khỏe nhân viên hàng không; quản lý giá, phí trong hoạt động HKDD... cũng đã được đề cập trong Dự thảo Luật sửa đổi, bổ sung một số điều của Luật HKDD Việt Nam năm 2006.