Trước đây, cảng hàng không Gia Lâm đã được Bộ GTVT phê duyệt quy hoạch tổng thể vào năm 2006 với vai trò cảng hàng không Gia Lâm là cảng hàng không nội địa cấp 3C và sân bay quân sự cấp II.
Tuy nhiên, do các hạn chế không phù hợp với với kế hoạch phát triển đội tàu bay của các hãng hàng không Việt Nam và xu thế phát triển đội tàu bay trên thế giới, vì để có thể khai thác dân dụng tại cảng hàng không Gia Lâm sẽ phải kéo dài đường cất/ hạ cánh. Hơn nữa, việc kéo dài đường cất/ hạ cánh khó khả thi do không phù hợp với quy hoạch phát triển của TP Hà Nội và quy hoạch vùng Thủ đô, sân bay Gia Lâm cũng nằm trọn trong khu vực nội đô TP Hà Nội nên việc mở rộng để đón các tàu bay lớn hơn không đảm bảo môi trường tiếng ồn cho các khu dân cư đông đúc bên cạnh.
Ngày 23 tháng 02 năm 2018, Thủ tướng Chính phủ đã có Quyết định số 236/QĐ – TTg phê duyệt điều chỉnh quy hoạch phát triển giao thông vận tải hàng không giai đoạn đến năm 2020, định hướng đến năm 2030, trong đó cảng hàng không Gia Lâm không còn nằm trong hệ thống mạng cảng hàng không toàn quốc. Thủ tướng giao Bộ GTVT thực hiện các thủ tục bãi bỏ quy hoạch tổng thể cảng hàng không Gia Lâm đã duyệt để Bộ Quốc phòng quản lý theo hiện trạng. Đến ngày 31 tháng 3 năm 2020, Bộ GTVT đã ký Quyết định số 528/QĐ – BGTVT về việc bãi bỏ Quyết định số 980/QĐ – BGTVT ngày 28/4/2006 về việc quy hoạch tổng thể Cảng hàng không Gia Lâm, thành phố Hà Nội giai đoạn đến năm 2015, định hướng đến năm 2025.
Hiện tại, cảng hàng không Gia Lâm do Quân chủng Phòng không không quân quản lý, đang khai thác bay quân sự, không có hoạt động bay dân sự./.